Conozco 3 empresas que se dedican a las excursiones alternativas en cruceros, excursiones para cruceros, shore2shore y tuitalia, os pongo sus webs:
http://www.
http://www.shore2shore.es/
http://www.tuitalia.com/
He ido con las dos primeras y sin problemas, con tuitalia he hablado con gente que ha ido y lo mismo, sin problemas. De todos modos, tened encuenta que organizan excursiones para cruceros en los que vayan muchos españoles, si tu crucero es de un recorrido menos habitual puede ser que no tengan nada organizado.
Si este fuera vuestro caso recomiendo buscar por foros gente que vaya en tu mismo viaje y ver si hay algo organizado (muchas veces se reune la gente y alquilan autobuses por su cuenta).
Comentaros también que no descartes las excursiones con la naviera, que aunque son una opción siempre más cara (aunque por ejemplo pullmantur e iberocruceros han bajado precios) son también más seguras (son las únicas que te garantizan que en caso de algún retraso en la vuelta del autobús el barco te espera).
Otros destinos, como las islas griegas y estambul son muy fáciles de hacer por libre, casi que lo pasareis mejor dando una vuelta con los amigos que hagais en el barco que con una excursión.